Thanh toán khối lượng phát sinh ????

Mình có tình huống như sau:
Trong quá trình thi công, bên mình là CĐT có yêu cầu nhà thầu thi công thêm 1 số hạng mục, đồng thời giảm trừ đi một phần khối lượng (do dự toán tính thừa). Bên mình có yêu cầu TVTK tính toán lại và giảm trừ (theo dự toán được duyệt ban đầu), sau đó ký phụ lục hợp đồng với nhà thầu. Do ngẫu nhiên, những phần khối lượng giảm trừ thì nhà thầu chào với đơn giá thấp hơn trong dự toán được duyệt, còn phần khối lượng phát sinh thì lại chào với đơn giá cao hơn. Vì vậy, khi làm hồ sơ thanh toán khối lượng phát sinh, thì giá trị thanh toán lại lớn hơn giá trị dự toán được duyệt.

Anh chị em trong diễn đàn cho mình xin ý kiến các giải quyết với.

Tiện đây, mình xin hỏi thêm, phần khối lượng phát sinh(tăng) có phải làm thanh toán theo PL04 không, chỗ mình thì chỉ làm theo PL 03a, và bên kho bạc cũng đồng ý thanh toán. Vậy PL04 áp dụng cho những trường hợp cụ thể nào?