[Hỏi] Phụ lục hợp đồng thi công XD

Hợp đồng thi công xây dựng của công ty em kí 12/2014, Hợp đồng trọn gói, vốn ngân sách tỉnh. thời gian thực hiện 12 tháng. trong khi thi công Bên chủ đầu tư muốn cải tạo thêm 2 dãy nhà A-B, và xin quyết định của UBND tỉnh kí phụ lục hợp đồng bổ sung và đã được phê duyệt với bảng điều chỉnh tổng mức đầu tư như sau:
STT        Hạng mục                           Tại QĐ số 2005/QĐ-UBND                   Nay điều chỉnh                 Chênh lệch
                                            ngày 31/10/2014
        Tổng số                                    7.718.482.000                    14.947.891.000        7.229.409.000
1        Chi phí xây dựng                            6.639.329.000                    13.117.888.000        6.478.559.000
2        Chi phí quản lý dự án                       150.834.000                         299.487.000           148.653.000
3        Chi phí tư vấn đầu tư XD               458.458.000                         879.820.000           421.362.000
4        Chi phí khác                               102.314.000                         350.696.000           248.328.000
5        Chi phí dự phòng                               367.547.000                         300.000.000            -67.547.000
+ Hợp đồng đã kí năm 2014 có giá trị: 6.961.399.000 đ ( trong đó: XD: 6.629.904.000 đ, Dự phòng: 331.495.000 đ) Hạng mục nhà C
nay điều chỉnh kí thêm phụ lục hợp đồng: Hạng mục Nhà a+ nhà b: 6.478.559.000 đ
+ Nhà C, đã quyết toán đã được sở XD, sở tài chính, UBND tỉnh phê duyệt quyết toán : 6.182.870.000 đ ( Chi phí dự phòng bị cắt, chi phí Xd bị cắt hơn 400tr) và đã được kho bạc thanh toán hết
+ sau khi kí phụ lục hợp đồng mang ra kho bạc báo cáo điều chỉnh tăng giá hợp đồng, kho bạc không đồng ý với lý do: trong QĐ của UBND tỉnh tổng chi phí Xd có : 13.117.888.000 đ, mà gía hợp đồng cả cũ  cả mới của bọn e lên đến 13.439.958.000 đ (6.961.399.000+6.478.559.000)
Bọn e có thanh minh: hợp đồng kí trước kia có cả chi phí dự phòng, mà bây giờ Kho bạc cộng cả chi phí dự phòng vào và bảo bọn em vượt tổng chi phí xây dựng được phê duyệt như thế có đúng không? Kho bạc chỉ trả lời: họ chỉ quan tâm đếm giá hợp đồng cũ và phụ lục hợp đồng lần này, cộng vào thấy vô lý vì thế hệ thống của họ không nhận!
em hỏi họ tư vấn cho bọn em cách giải quyết: Họ bảo cái này họ cũng không biết tư vấn như thế nào
Vậy em xin hỏi cách xử lý như thế nào đây ạ! em bó tay rồi! mong các anh chị giúp đỡ